Microbiologie médicale

Les enfants d’âge préscolaire atteints d’une pneumonie extrahospitalière (PE) n’ont souvent pas besoin d’antibiotiques, étant donné que la plupart des cas sont d’origine virale. Si l’on soupçonne une PE d’origine bactérienne, il faut prescrire de l’amoxicilline aux patients en soins ambulatoires, et de l’ampicilline ou de la pénicilline G aux patients hospitalisés. Ces médicaments ont un spectre suffisant pour lutter efficacement contre les pathogènes bactériens couramment à l’origine des PE sans qu’il soit inutilement large. Les céphalosporines de troisième génération ne devraient être prescrites qu’aux enfants non immunisés ou atteints d’une grave infection, ou lorsqu’on observe un taux de résistance à la pénicilline élevé parmi des isolats de pneumococcies invasives. D’autres médicaments peuvent être indiqués dans les cas où l’on soupçonne une pneumonie staphylococcique, des pathogènes atypiques ou l’influenza.

Les cultures bactériennes faites à partir d’échantillons provenant d’une poche collectrice d’urine sont plus susceptibles de donner un faux positif chez les jeunes enfants chez qui l’on soupçonne une infection urinaire, en raison d’une contamination par la flore périnéale. Il ne faut donc pas utiliser de cultures d’urine provenant d’une poche collectrice pour poser un diagnostic d’infection urinaire, car cela pourrait entraîner un surtraitement. Bien qu’une culture négative provenant d’une poche collectrice permette d’exclure un diagnostic d’infection urinaire, une culture positive doit être confirmée par une autre méthode plus spécifique, ce qui entraîne d’importants délais. Les échantillons d’urine obtenus par cathétérisme ou par aspiration sus-pubienne améliorent la spécificité des cultures. Ce sont donc les techniques à privilégier pour recueillir l’urine des enfants qui ne sont pas encore entraînés à la toilette. Chez les enfants qui le sont, la technique standard consiste à effectuer des prélèvements stériles. Cette méthode non effractive est parfois utilisée auprès des nourrissons, mais est toutefois associée à un taux de contamination relativement élevé.

Les nourrissons sont souvent des porteurs asymptomatiques de C. difficile (entre 14 et 63 %), mais il est rare que la maladie clinique soit signalée avant l’âge de 12 à 24 mois. Les nourrissons ne disposeraient pas des mécanismes cellulaires nécessaires pour internaliser les toxines de C. difficile. Lors de l’examen d’un nourrisson atteint de diarrhée, il faut envisager d’autres diagnostics, et ce, même si un résultat positif est obtenu au test de dépistage du C. difficile. On devrait faire passer ce test seulement aux nourrissons immunodéprimés ou atteints d’un trouble intestinal sous-jacent (p. ex. maladie de Hirschsprung, maladie intestinale inflammatoire) après l’élimination des autres étiologies. Il est donc prudent d’éviter de procéder systématiquement au dépistage chez les nourrissons de moins de 12 mois et, chez les enfants entre un et trois ans, de commencer par envisager d’autres causes possibles de la diarrhée, en particulier de nature virale.

Dans le cadre de grandes études de cohorte rétrospectives menées auprès d’enfants atteints d’une ostéomyélite hématogène aiguë sans complication, aucune différence n’a été observée entre le taux d’échec associé à un traitement intraveineux prolongé et celui associé à un traitement intraveineux suivi d’une transition rapide vers un traitement oral. Les définitions de traitement « prolongé » étaient variées, passant de sept jours ou plus dans le cas d’une cohorte à la durée complète du traitement chez une autre (soit entre trois et six semaines). Notons que le taux de complications associées aux cathéters centraux insérés par voie périphérique signalé dans les groupes de traitement prolongé était de 3 à 15 %. Un traitement intraveineux prolongé devrait être envisagé en présence de complications (ostéolyse importante; pathogène rare ou résistant; patient immunodéficient; sepsie ou choc infectieux; thrombose veineuse; foyer métastatique ou formation d’un abcès important). En ce qui concerne la transition vers un traitement oral, il faut obtenir une bonne réaction clinique et tenir compte des conditions suivantes : absence de fièvre depuis 48 à 72 heures; normalisation des marqueurs d’inflammation ou diminution de 50 % de la protéine C réactive; absence de complications et de foyers métastatiques; et culture sanguine négative si la culture initiale était positive.

La culture d’urine est l’analyse microbiologique la plus souvent demandée et la majorité des spécimens sont prélevés chez des patients qui ne présentent aucun symptôme. La culture d’urine devrait être demandée uniquement si le patient présente des symptômes urinaires, par exemple dysurie aigüe, miction impérieuse, pollakiurie, douleur suspubienne ou douleur au côté et fièvre sans autre étiologie évidente. En l’absence de tels symptômes spécifiques, les cultures positives indiquent une bactériurie asymptomatique et mènent à une antibiothérapie inutile, voire nocive. Des urines brouillées ou malodorantes ne sont pas caractéristiques d’une infection urinaire et ne devraient pas justifier une culture à moins de symptômes aigus des voies urinaires. Le délire ne constitue pas un symptôme de cystite chez les patients non cathétérisés. Chez les patients cathétérisés qui présentent de la fièvre ou du délire, une culture d’urine positive pourrait aussi indiquer une bactériurie asymptomatique, à moins que l’on ait écarté d’autres étiologies. Les laboratoires devraient envisager des stratégies éducatives additionnelles pour réduire le nombre de cultures d’urine chez les patients asymptomatiques, en faisant appel à des outils analytiques permettant de réduire le traitement de spécimens peu pertinents.

Seuls les spécimens de selles liquides devraient être recueillis ou analysés pour dépistage de C. difficile, puisqu’un test positif en l’absence de diarrhée représente probablement une colonisation par C. difficile. La valeur ajoutée diagnostique d’une reprise du test d’amplification des acides nucléiques de C. difficile dans les 7 jours suivant un test négatif est minime. La reprise du test de dépistage des toxines de C. difficile par essai immuno-enzymatique dans les 7 jours suivant un test négatif ajoute également peu au diagnostic, mais pourrait être nécessaire dans certains cas. Un test de contrôle bactériologique chez les patients qui ont récemment souffert d’une infection à C. difficile n’est pas non plus recommandé. Des analyses antérieures ont montré que l’utilisation des systèmes d’information hospitaliers pour restreindre les demandes de reprise de tests pour ces raisons a donné lieu à une réduction de 91 % des reprises de test.

Toutes les plaies sont colonisées par des microorganismes. Des cultures ne devraient pas être effectuées sur des plaies qui ne sont pas cliniquement infectées (c.-à-d., en l’absence de signes classiques d’inflammation, de purulence ou de douleur accrue). En ce qui concerne les plaies cliniquement infectées, les meilleurs spécimens pour culture sont prélevés en profondeur et obtenus par biopsie ou curetage après un nettoyage/débridement de la plaie. Les laboratoires devraient envisager l’application de critères pour rejeter de tels échantillons sans procéder aux cultures. Pour les écouvillons superficiels qui sont analysés/mis en culture, l’interprétation des résultats devrait être mise en corrélation avec la coloration de Gram.

Même si le test d’amplification des acides nucléiques est la modalité de choix pour déterminer l’étiologie virale de la méningite/encéphalite, il ne devrait pas être demandé d’emblée sur tous les spécimens de liquide céphalorachidien. L’utilisation de routine de ce test chez des patients qui ne présentent pas de syndromes cliniques compatibles peut mener à un traitement antiviral empirique inutile, à des soins additionnels et à une hospitalisation prolongée pendant l’attente des résultats. De plus, une telle analyse effectuée de routine peut réduire la quantité de liquide céphalorachidien disponible pour d’autres analyses diagnostiques. Dans les cas où le test d’amplification des acides nucléiques était nécessaire chez l’adulte, les laboratoires devraient se doter de politiques décisionnelles pour procéder au test lorsque la numération cellulaire et les protéines du liquide céphalorachidien sont normales.

Il est généralement possible d’obtenir des spécimens liquidiens et tissulaires dans l’environnement contrôlé du bloc opératoire et ces spécimens sont de meilleure qualité que les écouvillons. Les cultures de spécimens obtenus sur écouvillon superficiel sont associées à davantage de résultats faussement négatifs car ils sont de moindre qualité pour l’isolement de bactéries anaérobies, ds mycobactéries ou de champignons et leur volume est insuffisant pour l’ensemble des tests diagnostiques nécessaires. Afin d’encourager le prélèvement d’échantillons liquidiens et(ou) tissulaires, il faudrait envisager d’interdire les spécimens prélevés sur écouvillons au bloc opératoire en l’absence de demande spécifique.